インボイス未登録の免税業者が道の駅A社（年商1億円）にて野菜を10,000円販売した場合の考え方例です。
今まで道の駅A社では仕入れ販売方式として会員さんらが納めた商品（野菜や加工食品、工芸品など）に対し、仕入れ率80％として売れた分の80％を会員さんにお支払いしていました。（消費税分も含めて）

インボイスが開始されるとインボイス未登録者（免税事業者）も、消費税を100％（640円）を納めなくてはなりません。特例の6年間の経過措置により80％（512円）は収入扱いが出来ますが、それでも20％（128円）は認めらません。従って、5年10月よりこの20％（128円）は免税事業者負担となります。4年目以降から3年間は20％が→50％と更に％が上がります。「左の図」

ここままですと、免税事業者さんが20％（128円）負担（納税）しなくてはなりません。今年は記録的猛暑で農家らは大きな打撃を受けています。これ以上の負担影響は避けたいと言う両者らが話し合い、対策案として道の駅Aでは免税事業者のみ仕入れ率80％を79％に変更し、その増加分を原資に納付する方法を検討しました。手数料79％にした場合の20％（経過措置分）は126円となり、手数料増加分100円で充当。差額26円は当面A社補填と考えております。「右の図」

上記の方法でも、結局は100円は農家、26円は店舗と両社で折半しただけなような感じがします。
しかし、話し合いをしてみると①免税業者で本当に小規模なところはインボイスなど面倒、取りたくない。と言うのが本音②店舗も100％免税業者に負担させて、出荷者出荷量が減る事＝売上客数減。これだけ避けたい。と言った部分で、落としどころ着地点だったような気がします。
勿論、上記が正解がどうかもわからないですし、わからないからインボイスは皆さん様子見のところが多いようです（手数料変更含めて）。
私自身も「課税売上高が1億円以下の少額特例」「仕入れ販売方式と委託販売方式のインボイスにおけるメリット、デメリット」などまだまだ分からないコトばかりです。
11月12月、来年の年末調整辺りから方向性が見えてくるのかもしれませんね。（インボイス終わり）